考虑到我国的粮食安全问题，从2006年至今，在保证现有的粮食乙醇生产的基础上，我国燃料乙醇生产企业的发展主要是两个方向：一是木薯乙醇；二是纤维素乙醇。两者都属于非粮食作物，其中，木薯乙醇已处于规模化生产阶段，技术发展已相对完善；而纤维素乙醇在我国还处在试验阶段，技术还有待完善。
在变动成本方面，由于粮食价格的上涨，用玉米生产燃料乙醇的原料成本居高不下。按照行业中等水准，每3.3吨玉米可以生产出1吨燃料乙醇。以2007年1~6月的市场平均价格计算，玉米的市场行情为1500~1700元/吨，加上800元左右的加工费、100元的脱水费用和100元的销售费用，每吨燃料乙醇的成本约为5950~6610元。而出售给石油企业时，每吨燃料乙醇大约售价为4500元，另外生产的全部过程中产生的酒精蛋白饲料价值为960元左右，这样，如果没有补贴，每生产1吨玉米乙醇，企业将亏损490~1150元左右。
与玉米乙醇相比，每吨木薯乙醇的成本要低1800～2460元，每吨木薯乙醇按4500元/吨的销售价格计算，加上生产的全部过程中产生的副产品，在没有补贴的情况下，每吨木薯乙醇可盈利1070元/吨。这还不包括由于减少了二氧化碳的排放量，每年能够得到CDM(清洁发展机制)项目资金。
CDM项目的核心内容是允许发达国家应用资金和技术与发展中国家合作，在发展中国家实施生物质能的开发和利用，进而达到减少温室气体排放的目的。每吨燃料乙醇能够产生2吨的二氧化碳减排量，根据目前国际市场的平均价格，减排量约为10美元/吨，每吨燃料乙醇的减排收益为20美元/吨。那么，按乙醇销售价4500元/吨、木薯450元/吨、酒精蛋白饲料1200元/吨计，年产10万吨的木薯乙醇的毛利润为10700万，另外还能够得到CDM项目资金1500万元。
长期来看，木薯也只是中国生产燃料乙醇的过渡性原料，还不足以改变中国整个能源结构。承担改变中国能源结构重任的是以秸秆为代表的植物纤维。开发大规模生产木质纤维类生物质燃料乙醇的工业技术，是解决燃料乙醇原料成本高、原料有限的根本出路。
据农业部提供的数据，中国秸秆资源量达6亿吨，目前有3亿吨用于薪柴燃料的消耗，其余均被焚烧。林业部提供的多个方面数据显示，我国林业废弃物资源量8亿吨，其中工业消耗5亿吨，有3亿吨亟待开发利用。按照美国每4吨秸秆出产1吨乙醇的技术水平，这些原料将能生产1.5亿吨燃料乙醇。如果纤维素燃料乙醇技术获得突破进展，实现工业化生产，则对突破我国资源瓶颈将起到至关重要的作用。
2006年8月，河南天冠集团开始建设年产3000吨的纤维素乙醇项目。这是国内首条纤维素乙醇产业化生产线。这一生产线的建设与投入到正常的使用中，将使得利用农作物秸秆类纤维质原料生产乙醇成为现实，其意义非常深远。由于受规模限制，纤维乙醇的生产所带来的成本高达6000至6500元/吨，比小麦为原料生产燃油乙醇的成本高500元至1000元，但是随着试验成功，产能扩大后，成本有望降低。
在纤维素乙醇方面，中粮生化能源事业部也作出了具体规划。中粮集团于2006年4月正式在黑龙江启动建设500吨/年纤维素乙醇试验装置，6月完成设计，9月完成建设，10月投料试车成功。从实验结果看，各项技术指标均达到国际领先水平。该项目的预处理环节，采用连续蒸汽爆破设备，是世界上首次将连续蒸汽爆破技术用于纤维素制乙醇的装置，其中酶制剂由中粮集团与丹麦诺维信公司联合开发。下一步，中粮集团将在逐步优化和完善中试试验的基础上，抓紧开展万吨级示范装置工艺包设计，为纤维素制酒精产业示范奠定基础。中粮集团与拥有世界领先技术的丹麦诺维信公司已经建立合作伙伴关系，将于2-3年内实现纤维素乙醇的规模化生产。
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